Rayquaza es un Pokémon legendario de tipo dragón/volador introducido en la tercera generación. Es la mascota de Pokémon Esmeralda. Forma parte del trío creador junto con Groudon y Kyogre. A partir de Pokémon Rubí Omega y Pokémon Zafiro Alfa puede megaevolucionar en Mega-Rayquaza.
Rayquaza vivió durante un larguísimo período de tiempo en la capa de ozono; pero eso cambió cuando se produjo el cataclismo de la lucha entre Groudon y Kyogre: Groudon con el poder que ejercía sobre la tierra provocó terremotos y erupciones que emitieron gases de efecto invernadero (aumentando la temperatura, a esto se suma la habilidad sequía). Por su parte, se añadió Kyogre con el poder que ejercía sobre el mar provocando lluvias torrenciales (habilidad llovizna) y tsunamis. Rayquaza, siendo el que mantiene el equilibrio del cielo y la atmósfera, con su habilidad bucle aire hizo que sus poderes de lluvia y sol fuesen nulos, y usando su poder, luchó contra ellos haciendo que durmieran y arreglando el desastre que causaron.
A partir de Pokémon Rubí Omega y Pokémon Zafiro Alfa, Rayquaza puede megaevolucionar en Mega-Rayquaza tras haber aprendido ascenso draco. Se dice que este Pokémon alcanza este estado de un modo único y distinto a los demás debido a su singular biología. En cuanto a su forma física, las líneas amarillas del tronco sobresalen convirtiéndose en una especie de alas. Su cola se divide en dos casi tocando la punta, los cuernos inferiores de su cabeza, se expanden y retuercen hacia adelante en forma de tenaza y de ellos sobresalen las marcas amarillas dando impresion de ser unas lineas de fuego que se alargan como cintas resplandecientes, además su cráneo adquiere una forma mas afilada y fina y en sus ojos aparece una marca negra de aspecto tribal.
Hace miles, miles de años, el planeta rebosaba de una poderosa energía natural que dotaba a Groudon y Kyogre de una fuerza abrumadora. Ambas criaturas se enzarzaron en violentos e incesantes enfrentamientos por hacerse con ella, poniendo en grave peligro la vida de los humanos y Pokémon de todo Hoenn. La transformación que esta energía provocaba en ellos fue bautizada posteriormente por las gentes como regresión primigenia. Y así fue como estas criaturas, azote de la humanidad, recibieron los nombres de Groudon y Kyogre primigenios. Entonces, de lo alto del firmamento, un Pokémon observó con atención la eterna contienda. Era Rayquaza, el Pokémon que danza en los cielos. Rayquaza es venerado por toda Hoenn, pues todos lo consideran su protector y salvador. Groudon y Kyogre primigenios se habían enfrentado sin cesar durante 20 días con sus 20 noches, y el equilibrio natural del mundo comenzaba a resquebrajarse, decantándose lentamente hacia la más aciaga destrucción. Los humanos, al verse incapaces de aguantar su tormento un día más, decidieron invocar a su salvador frente a una gran piedra que irradiaba un fulgor iridiscente. En ese momento, Rayquaza experimentó un cambio mientras sobrevolaba a Groudon y Kyogre Primigenios. Una luz cegadora envolvió su cuerpo y este comenzó a transformarse... Y entonces...
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